A Copa do Brasil 2025 conhece todos os times classificados para a terceira fase da competição. No total, são 32 clubes que irão disputar a próxima fase da competição. Nessa etapa, além dos 20 classificados, 12 times irão estrear na competição, uma vez que conseguiram vaga de forma direta para entrar na disputa, como, por exemplo, Botafogo, Palmeiras, Flamengo, Corinthians, entre outros.
Sorteio
A partir desta etapa, a CBF irá fazer sorteio para definir os confrontos, que devem ocorrer em 30 de abril e 21 de maio, em partidas de ida e volta.
Os times classificados para a terceira fase da Copa do Brasil são: Aparecidense; Atlético-MG, Bahia, Botafogo, Botafogo-PB, Brusque, Capital-DF, Ceará, Corinthians, CRB, Criciúma, Cruzeiro, Flamengo, Fluminense, Fortaleza, Grêmio, Internacional, Maracanã, Maringá, Náutico, Novorizontino, Operário-PR, Palmeiras, Paysandu, Bragantino, Retrô, Santos, São Paulo, Vasco, Athletico-PR, Vila Nova, CSA.
Potes
A divisão dos potes para a realização do sorteio segue o Ranking Nacional de Clube (RNC) da Confederação Brasileira de Futebol (CBF). Dessa forma, os times mais bem ranqueados são direcionados para o Pote 1, enquanto os demais seguem para o Pote 2.

Os times que compõe o pote 1 são: Flamengo, São Paulo, Palmeiras, Corinthians, Atlético-MG, Fluminense, Botafogo, Fortaleza, Grêmio, Bahia, Internacional, Bragantino, Vasco, Santos, Cruzeiro e Athletico-PR.
Já o pote 2 é composto por: Ceará, Criciúma, CRB, Operário-PR, Botafogo-PB, Brusque, Novorizontino, Paysandu, Náutico, Aparecidense, Retrô, Maringá, Maracanã, Capital-DF, CSA e Vila Nova.
Nessa fase, os times se enfrentam em jogos de ida e volta. A ordem dos confrontos é definida por sorteio da CBF. Segundo o regulamento da competição, se o confronto terminar empatado no placar agregado das duas partidas, quem avança será decidido por pênaltis.
Os vencedores que irão para as oitavas de final da Copa do Brasil irão receber R$ 3,638 milhões.